巴格其镇其下属村有： 和谐社区、 肖尔巴格村委会、 故城村委会、 良种场村委会、 怕也那普村委会、 永安村委会、 永兴村委会、 托万喀什村委会、 欧吐拉喀什村委会、 也扎巴格村委会、 艾斯里坎特村委会、 恰喀村委会、 恰勒瓦西村委会、 尼响达村委会、 布坎拜村委会、 喀斯皮村委会、 索米村委会、 托万索米村、 尤喀昆村、 许玛巴格万村委会、 欧依许玛村委会、 托万许玛村委会、 巴格其村委会、 民丰村委会、 尤库日巴格其村、 和丰村委会、 蔬菜队村委会、 春花村委会、 巴扎博依村委会、 欧吐拉巴格其村委会、 巴格万村委会、 依帕克村委会、 吾尔曼村委会、 阿热居瓦村委会、 永宁村委会、 塔里其村委会、 恰木古其村委会、 达尼什村委会、 铁木尔其村委会、 铁提村委会、 墩艾日克村委会、 依特帕克村委会、 阔贡其村委会、 阿瓦提村委会 共44个行政村。