水磨沟镇位于朝天区北部，东与宁强县舒家坝镇交界，西与大滩镇接壤，南与中子镇相依，北与宁强县阳平关镇毗邻，幅员面积98平方公里。2019年12月23日，四川省人民政府关于同意广元市调整青川县等4个县（区）部分乡镇行政区划的批复（川府民政〔2019〕26号）：撤销马家坝乡、青林乡，设立水磨沟镇，以原马家坝乡和原青林乡所属行政区域为水磨沟镇的行政区域，水磨沟镇人民政府驻红坪路2号。水磨沟镇其下属村有： 水磨沟社区居民委员会、 菜坝河村村民委员会、 红坪村村民委员会、 枫香滩村村民委员会、 马家坝村村民委员会、 桃源村村民委员会 共6个行政村。